北京大學(xué)經(jīng)2002年3月15日第451次校長辦公會研究，決定成立“北京大學(xué)軟件學(xué)院”。北京大學(xué)經(jīng)2004年4月20日第531次校長辦公會研究決定，將“北京大學(xué)軟件學(xué)院”與“北京大學(xué)國家集成電路人才培養(yǎng)基地”結(jié)合，“北京大學(xué)軟件學(xué)院”更名為“北京大學(xué)軟件與微電子學(xué)院”。
2003年12月，在教育部組織的對全國35所示范性軟件學(xué)院中期評估中，北京大學(xué)軟件學(xué)院綜合評比排名第一，被譽(yù)為“示范中的示范”；2004年11月9日，學(xué)院榮獲“北京大學(xué)教學(xué)成果一等獎(jiǎng)”；2004年12月9日，榮獲“北京市高等教育教學(xué)成果一等獎(jiǎng)”；2005年9月,榮獲高等教育“國家級教學(xué)成果一等獎(jiǎng)”；2006年，北京大學(xué)軟件與微電子學(xué)院順利通過了教育部組織的示范性軟件學(xué)院的驗(yàn)收評估，評估結(jié)果為“綜合排名第一”。
學(xué)院于2002年3月成立至今，已初步形成了一個(gè)學(xué)院（北京大學(xué)軟件與微電子學(xué)院）、兩個(gè)學(xué)科（軟件工程學(xué)科、集成電路設(shè)計(jì)與工程學(xué)科）、三個(gè)基地（國家軟件人才國際培訓(xùn)（北京）基地、國家集成電路人才培養(yǎng)基地、軟件工程國家工程研究中心北京工程化基地）的綜合性軟件與微電子人才培養(yǎng)實(shí)體。目前，學(xué)院以培養(yǎng)軟件工程、集成電路工程、項(xiàng)目管理、電子與通信工程4個(gè)領(lǐng)域的工程碩士為主體。學(xué)院以脫產(chǎn)、在職的培養(yǎng)方式，發(fā)展至今，形成了每年可為國家培養(yǎng)1000名左右的工程碩士研究生的規(guī)模。